1、合理安排洁净室面积
合理的布局首先要理顺工艺流程，避免迂回来回。工作间的平面空间应合理，既方便使用，又便于维护，不得留有空余空间。适当的空间和面积，也有利于合理划分区域，防止混杂。
值得注意的是：洁净室并不是越大越好，面积和空间的大小都与送风量有关，决定了空调能耗的大小，影响到工程投资。但是洁净室的空间面积也不可过小，过小可能不利于操作、维护。因此，设计合理的空间面积应考虑设备的运行、维护等需要。生产区域和储存区域应有与生产规模相适应的空间，以便于设备、材料的放置，方便操作和维护。普通洁净室高度控制在2.60米，对于单个高度较高的设备，可以局部加高，不宜全面提高洁净区高度。厂房内应有足够面积的物料中间站，用于存放物料、中间产品、待验品和成品，并便于清晰划分，以尽量减少差错和交叉污染。
2、提高装备水平
装备材料、加工精度、密闭度及管理制度均与交叉污染有关。因此除合理布局外，提高设备的自动化水平及组成连线，以减少操作人员，降低人员活动频率，是预防交叉污染的必要措施。
有些产品产生的灰尘比较多。怎样防止长时间产生粉尘的产品在生产过程中产生交叉污染？选购的设备首先应具有防护罩并带有除尘装置；其次应采取隔离措施，将其分为操作室、前室或操作室、辅助室。平面布置的前室一般采用单机单室，辅机室可设在非洁净区，大修门设在走廊一侧。对一些没有辅助除尘设备和密封的单机，则可以将隔离区内的排出气体经过滤后再送回隔离区，即形成自循环。
一些产品在生产过程中的引湿性较强，当要求空气相对湿度低于50%甚至45%时，就难以进行冷冻除湿。其中，氯化锂的水洗机最适合采用这种方法。脱水机可安装在有特殊脱水要求的洁净室，以净化空气为工作场所低湿保护空气，使其自成循环系统。
3、分设空调净化装置
洁净室的空调净化系统应按洁净度的不同等级分别设置。对于将产生异味、有毒、有害气体的工房，应设置空调净化系统，其排风口应安装高效过滤装置，以最大限度地减少这些药物的污染。对于不同清洁程度、产生粉尘和有害气体的洁净室、被排液介质毒性大、有易燃易爆气体的场所，应分别设置局部通风系统。清洁室内的排气孔应设置防倒灌装置。必须有供气，回风，排风的闭锁装置。
4、严格控制人员流动和物流
净化器应设置专门的人流、物流通道。员工必须按照规定的净化程序进入，人数必须严格控制。对物料可在除尘后拆下外包，通过缓冲间或传递窗送进。对不同洁净等级的洁净区物品，通过传递窗进行传递。为缩短运输距离，中转站应设置在中转站的中央位置。清洁区域内无任何与本岗位无关的管道。可充分利用上下或四周的技术夹层，所有公用管道、工艺管道的主干管均安装在技术夹层上。通过地面或隔墙敷设的套管应尽可能接近使用点，套管内的管道不应进行焊接，套管和套管之间应采用分叉密封措施。清洁室内的管道必须采用不锈钢材料。
